Botha dan isterinya telah bersara di rumahnya, Die Anker, di bandar Wilderness, 350 km timur Cape Town di pesisiran pantai Lautan Hindi. Sejak persaraannya, beliau telah sembunyi daripada kacamata pihak media.

Botha enggan memberi keterangan dihadapan Suruhanjaya Kebenaran dan Rekonsiliasi bagi mendedahkan jenayah aparteid yang dilakukannya sewaktu beliau menerajui kerajaan Afrika Selatan. Suruhanjaya ini yang diketuai oleh musuhnya yang paling ketat Biskop Agung Desmond Tutu telah mendapati bahawa beliau bersalah kerana mengarahkan pengeboman ibupejabat Majlis Gereja-Gereja Afrika Selatan di Johannesburg. Walaupun begitu, beliau tidak mengendahkan tuduhan suruhanjaya tersebut, malah menggangapnya sebagai satu "pertunjukan sarkas". [1] Pada Ogos 1998 beliau telah dikenakan denda dan hukuman penjara suspended jail sentence kerana keengganannya memberi keterangan terhadap tuduhan pelanggaran hak asasi manusia dan keganasan yang dilakukan sewaktu beliau menjadi presiden State Security Council.[2]

Isteri kesayangannya Elize telah meninggal dunia pada 1997, dan beliau kemudian mengahwini Barbara Robertson pada 22 Jun, 1998. Botha meninggal dunia akibat serangan sakit jantung di rumahnya pada 31 Oktober 2006, pada usia 90. Mantan Presiden Nelson Mandela telah dilaporkan berkata "walaupun ramai yang menganggap En. Botha akan kekal sebagai simbol aparteid, kami juga mengingati usahanya mengambil langkah kearah perundingan secara aman bagi negara kita."[3] Keluarganya telah menolak tawaran pengkebumian negara state funeral dan akan mengadakan pengkebumian pada 8 November ini.